在绕L2点飞行过程中，嫦娥二号携带的4台科学仪器联合进行了系列科学探测。比如，卫星携带的X射线谱仪对目前正在处于上升阶段的太阳活动、频繁爆发的太阳耀斑进行监测，监测结果一方面可以对如大耀斑伴随的太阳质子事件等空间环境进行预警，另一方面也可以开展太阳耀斑演化特征和规律的科学研究。同时，星上的γ射线谱仪还对宇宙γ爆进行了观测，填补了我国对地球远磁尾区域的离子能谱、太阳耀斑爆发和宇宙伽玛爆的科学探测的空白。